二天后，南洋舰队领着运兵船，浩浩荡荡地来带巴达维亚外海港。
巴达维亚可谓是座海上城市，是荷兰人建造，有着特有的荷兰风格。当初荷兰人为了商船运送货物方便，建有完善的运河体系，整个巴达维亚城区被奇利旺河贯穿，用于货物运输。运河直接与海水连接，运河便成为外来船只进出巴达维亚的航道，而沿岸便最前端，荷兰当局修筑了几座炮台，进入城区后，河岸则住着居民。
一见浩浩荡荡的敌军舰队到来，奇利旺河口处仅剩的两艘小型军舰躲入航道内。谭体元下令追击，却没想到，南洋舰队一时大意，被航道两边的最前边两座大型炮台给击伤了一艘巡洋舰。谭体元急忙下令后退，利用火炮射程优势进行攻击。
原本军舰上的克虏伯火炮，在海上对战时，最佳射程只有六七百米，但那因为瞄准的目标是高速移动的战船，如今对付固定的炮台，而南洋舰队的这些军舰也停泊在海面一动不动，这样一来，便立刻发挥了克虏伯线膛炮的原本有效射程，顿时，荷兰人又吃到了苦头：远远地挨揍不能还击，只能眼睁睁地看着炮台被摧毁。几轮炮击之后，尽管后面进港航道的两边还有数座炮台，但却都只是守卫航道的老式滑膛加农炮，对付远在河口处的南洋舰队，根本无可奈何。
因此，绝望的荷兰炮兵纷纷撤离炮台，逃进巴达维亚城。
轻松地将炮台端掉，那两艘躲入航道内的军舰便立刻挂上了白旗，军舰上的一些荷兰士兵早就下船逃跑，剩下一些本地土著水手和华人劳工留在军舰上，都跪在甲板上投降。
失去了荷属东印度舰队的保护，加上炮台火炮射程的劣势，原本防守森严的巴达维亚城，犹如剥光了的竹笋，彻底暴露在南洋舰队和步兵第三十八师面前。
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